Kostel sv. Václava založil kníže Břetislav I. na místě někdejšího kostelíka sv. Kosmy a Damiána, před nímž byl zavražděn sv. Václav.
Nový kostel byl vysvěcen již v roce 1046.
V průběhu 12. století byl kostel přestavěn na trojlodní baziliku, z níž se dochovala krypta.
Kostelík sv. Klimenta z 11. století je jednou z nejstarších chrámových staveb v Čechách se zachovalými malbami z 2. poloviny 12. století.